Может помочь инструмент покрытия, такой как rcov.
https://github.com/relevance/rcov
Поскольку вы находите методы, которые не охватываются тестами, вы должны написать для них тесты или выяснить, используются ли они вообще.
Удаление неиспользованныхМетоды - это часть рефакторинга, если у вас слишком много классов, которые могут быть запахом кода, который также нуждается в рефакторинге.