Вы смотрели на используемый регистратор? Log4j? вход в Java? SLF4j? регистрация общего пользования?
Я думаю, что в зависимости от используемой структуры у вас будет свой ответ.
РЕДАКТИРОВАТЬ: на основе документации commons-logging , если в вашем classpath есть log4j, то он будет использоваться. Чтобы переопределить любой файл log4j.properties или log4j.xml, который будет в вашем CP, запустите ваше приложение со следующим параметром JVM
-Dlog4j.configuration=path-to-your-log4j.xml