В дополнение к полям необходимо исключить оси и пространство для них, а также отключить автоматическое расширение границ осей:
par(xaxs="i", yaxs="i") # 'internal' axis style - no extending
par(xaxt="n", yaxt="n") # remove axes
par(mgp=c(0,0,0)) # remove room for title and axis labels
par(mar=c(0,0,0,0)) # remove margins
symbols(0,0, circles=1, bg=2, fg=NA, inches=FALSE, bty="n",
xlim=c(-1,1), ylim=c(-1,1)) #ensure limits match the size of the circle
Часть fg=NA
удаляет передний план символа, который является границей круга. Надеюсь, это больше похоже на то, что вы имели в виду.