Используется, чтобы убедиться, что вы можете получить доступ к сценариям только через index.php (где определен SYSPATH).
Это еще один уровень безопасности, если ваши файлы сценариев находятся в веб-доступном месте. Эта проверка не позволит людям выполнять такие классы, как http://example.com/application/classes/controllers/welcome.php
На самом деле файлы должны находиться вне webroot с index.php, ссылающимся на правильные местоположения, но это не всегда возможно, поэтому у них есть эта проверка.
Полагаю, вы могли бы оставить это без внимания, если у вас есть .htaccess для защиты этих каталогов, но это ничего не стоит, так что вы можете просто сохранить его.