Я решил проблему, необходимо связать .libs strmiids.lib и strmbase.lib. Я не знал, как это сделать, и в случае, если есть кто-то еще, как я:
в свойствах проекта-> настройка prop-> linker-> general ... дополнительные каталоги библиотеки, добавьте путь к файлам .lib, который для меня был C: \ Program Files \ Windows CE Tools \ wce600 \ TEMP \ Lib \ ARMV4I, где TEMP - это имя SDK, который я использовал.
В свойствах проекта-> свойства конфигурации-> компоновщик-> ввод-> дополнительные зависимости добавьте необходимые .libs, разделив их пробелом: strmbase.lib strmiids.lib
и он успешно построен!