Я рекомендую вам удалить любую mergeinfo в файлах и идти вперед, предполагая, что ваша mergeinfo верна в каталоге (например, "trunk"), который содержит весь ваш проект. Для типичных сценариев слияния вы никогда не должны видеть, что mergeinfo установлена в файле - она должна быть установлена только в каталоге, который был целью операции слияния (например, "trunk").
Я предполагаю, что в какой-то момент вы (или кто-то из вашей команды) случайно выполнили слияние, где целью был один или несколько из этих файлов. Эта операция слияния установила mergeinfo для этих файлов, и с тех пор вы застряли с ней (svn будет видеть это при каждом слиянии и обновляет информацию о слиянии, даже если сам файл не был изменен при слиянии). Я уже видел это раньше, и лучшее решение - просто удалить mergeinfo из файлов.
Если вы еще этого не сделали, обязательно прочитайте главу 4 книги о подрывной деятельности - о ветвлении и слиянии - хорошее прочтение, чтобы вы могли понять, что связано со слиянием в svn .