Если вы используете язык, поддерживающий бесконечные размеры (например, .NET), вы можете использовать
(?<!^\.\.\..*)yourterm
Если вы не можете использовать это, но знаете, что может быть только одно совпадение вашего выражения на строку, вы можете найти их с помощью
^(?!\.\.\.).*(yourterm)
Это на самом деле будет соответствовать всему началу строки, но у вас есть интересующий вас термин в группе захвата.
Если у вас может быть несколько совпадений в строке, я думаю, вы не сможете легко добиться этого, используя только одно регулярное выражение.
В любом случае, может быть проще использовать ^(?!\.\.\.).*
, чтобы сначала избавиться от всех строк, начинающихся с ..., и начать еще один запуск по ним для получения совпадений.