Я нашел ответ. Оберните раздел HttpModule в тегах местоположения и установите для атрибута inheritInChildApplications значение false.
<location path="." inheritInChildApplications="false">
<system.web>
<httpModules>
<add type="MDL.BexWebControls.Charts.ChartStreamHandler,Charts" name="ChartStreamHandler"/>
</httpModules>
</system.web>
</location>
Теперь любые виртуальные каталоги не будут наследовать настройки в этом разделе местоположения.
@ GateKiller Это не другой веб-сайт, это виртуальный каталог, поэтому наследование происходит.
@ petrich Я получил и пропустил результаты, используя <remove />
. Я должен помнить, чтобы добавить его в каждый виртуальный каталог, что является болью.