Я не могу рассказать вам, как это сделать в Prototype, но однажды я реализовал нечто подобное в Dojo: хитрость заключалась в расширении метода "xhrGet", который отвечал за AJAX-запросы. Для этого у меня были свои собственные методы, которые запускались по запросу и обрабатывали событие «done», где я мог показать / скрыть загрузчик.
Я предполагаю, что вы можете расширить методы в Prototype, чтобы вы могли начать.