Вы уже видели WiX?
http://wix.sourceforge.net/
Он собирает установщики Windows, используя файл XML, и имеет дополнительные библиотеки для использования, если вы хотите представить свои установщики и тому подобное. Я признаю, что кривая обучения для меня была средней на начальном этапе, но потом я смог создать второй установщик без каких-либо проблем.
Он будет обрабатывать обновления и другие элементы, если вы того пожелаете, и вы можете применять права доступа к папкам и т.п. к установщикам. Это также дает вам больший контроль над тем, куда именно вы хотите установить файлы, и совместимо со всеми стандартными соглашениями о папках Windows, так что вы можете указать «PROGRAM_DATA» или что-то в этом роде, и установщик знает, как поместить его в C: \ Documents Настройки \ Все пользователи \ Данные приложения или C: \ ProgramData в зависимости от того, используете ли вы XP или Vista.
Ходят слухи, что Office 2007 и Visual Studio 2008 использовали WiX для создания своего установщика, но я нигде не смог это проверить. Я верю, что это разработано некоторыми людьми Microsoft внутри.