У вас есть две версии класса, вероятно, в двух разных JAR: s. Поскольку в Java EE часто используются иерархии загрузчиков классов, может случиться так, что один фрагмент кода загружает класс из одного загрузчика классов, а другой фрагмент кода загружает его из другого загрузчика классов. Экземпляры этих двух классов (с одинаковыми именами) не считаются равными, даже если они будут иметь одинаковый serialVersionId.
То, что вы видите, это два разных экземпляра ValidationException, созданных из разных классов, загруженных из разных загрузчиков классов (возможно, из разных JAR). JDeveloper, вероятно, включает в себя свою собственную версию, которая конфликтует с версиями WebLogic. Включаете ли вы в свой файл jar проверки eclipse?