Если я включу в свой проект несколько стилей, которые больше не буду использовать, увеличит ли это размер окончательного файла XAP?
Да. Он скомпилируется в DLL и займет место. Поскольку XAML - это XML, ZIP хорошо сжимает его, но вы должны удалить любой неиспользуемый контент.
Да, компилятор не редактирует ресурсы Xaml, включенные в XAP, он включает их как есть.