Потенциально более чистым решением было бы создание пользовательской библиотеки тегов, которая выводит правильный HTML, например
<m:htmlScript type="text/javascript" src="/js/jquery-1.4.4.min.js"/>
производство:
<script type="text/javascript" src="/js/jquery-1.4.4.min.js">
Другой альтернативой может быть инкапсуляция тега в CDATA:
<![CDATA[<script type="text/javascript" src="/js/jquery-1.4.4.min.js"></script>]]>
Я рассмотрел эту тему более подробно здесь:
Как создать правильный HTML с JSPX? (не XHTML)