Они не должны создаваться автоматически. Это места, в которые вы можете поместить информацию о конфигурации в зависимости от того, какую область вы хотите иметь:
C:\Mercurial\Mercurial.ini - Если вы решите создать это, то, что вы вставите в него, затронет всех пользователей системы
%USERPROFILE%\Mercurial.ini - Если вы решите создать это, то, что вы положили в него, влияет только на вас, но в каждом репо с вами взаимодействует
((repository root))\.hg\hgrc - Если вы решите создать все, что вы положили в него, это повлияет только на хранилище, в которое вы его поместили
Итак, все дело в сфере. Что-то вроде включения расширения может быть лучше всего сделано системно-глобальным в C: \ Mercurial. Что-то вроде установки вашего имени пользователя лучше всего делать только для вас, в вашем %USERPROFILE%\Mercurial.ini. Сохранение пароля для репозитория (если оно вообще сделано), вероятно, происходит внутри этого файла репозитория .hg/hgrc.
Как пояснил Дэниел в комментариях, %USERPROFILE% - это расширение переменной среды. Это необходимо, поскольку местоположение вашего домашнего каталога различается в зависимости от того, какая у вас версия окон, как настроил ваш администратор и от вашего имени.