Ну, я не могу утверждать, что знаю точную причину этого, вам нужен кто-то из команды SL, чтобы категорически изложить причину, и я не видел ни одного блога от них, делающего это.
Однако я сильно подозреваю, что это связано с тем, что все еще есть только один плагин Silverlight, то есть когда пользователь устанавливает плагин Silverlight 4, он заменяет существующий. Плагин Silverlight 4 будет запускать не только приложения Silverlight 4, но также приложения Silverlight 3 и 2. Вследствие этого приложения Silverlight 2 будут искать библиотеки 2.0.5.0 и избегать определенных проблем, если в более поздних версиях просто используется тот же номер версии.
Конечно, я мог бы быть далеко и надеяться, что, если я стану чудаком MS, приди и застрели это, в процессе чего мы получим реальный ответ.