При добавлении сервисной ссылки попробуйте нажать кнопку «Дополнительно ...», а затем снимите флажок «Повторное использование типов в ссылочных сборках».
Я узнал об этом, когда создал простой проект для тестирования стороннего сервиса, который работал нормально. Попытка добавить одну и ту же ссылку в основной проект привела к тому, что файлы app.config и reference.vb не были сгенерированы правильно.
Я думаю, это могло быть из-за того, что в приложении или ссылочных приложениях уже были другие веб-ссылки, однако снятие флажка «Повторное использование типов» привело к правильной генерации файлов.