Вам лучше разделить разные аспекты приложения на разные проекты (и, следовательно, сборки). Мой стандартный подход к новому проекту - иметь отдельную DLL для бизнес-логики, отдельную для тестов, отдельную для самого веб-сайта и, возможно, другие для доступа к данным, утилит, служб и т. Д. По мере необходимости. *
Также следует помнить, что в Visual Studio существует два вида веб-проектов (в зависимости от используемой версии они могут немного отличаться). Существует проект «Веб-приложение» и «Веб-сайт». Избегайте таких веб-сайтов, как чума ИМО. Они отходят от традиционных способов работы проектов в Visual Studio и, как правило, с ними сложнее работать, и они никогда не используются в проектах, которые вы обнаружите в дикой природе.