EditTextPreference поддерживает большинство тех же свойств XML, что и виджет EditText. Таким образом, вы можете использовать такие вещи, как android:inputType, android:imeOptions и kin для настройки программной клавиатуры.
Однако, AFAIK, программная клавиатура автоматическая для EditTextPreferences - она должна работать без настройки.