Какая платформа?
В * nix сохраните пароль в виде обычного текста в файле chmoded 400 в подкаталоге домашнего каталога. Смотрите, например, ~ / .subversion. В любом случае, администраторы могут делать с пользователями все, что им нравится, включая замену вашей программы собственной взломанной версией, которая захватывает пароли, поэтому нет никакого вреда в том, что они могут видеть файл. Помните, что пароль также доступен для того, кто извлекает этот жесткий диск - если это проблема, тогда либо попросите пользователя повторно вводить пароль каждый раз, либо проверьте, имеет ли эта версия * nix шифрование файлов.
В Windows Pro храните пароль в зашифрованном файле.
В Windows Amateur сделайте то же самое, что и * nix. [Редактировать: CryptProtectData выглядит хорошо, как предполагает Aleris. Если он доступен на всех Windowses, то он решает проблему только более дорогих версий, поддерживающих зашифрованные файлы].
В Symbian храните пароль в своей клетке данных. Программы с разрешением AllFiles редки и в любом случае предположительно заслуживают доверия, немного похоже на * nix admins.