Проект 3DTools плохо работает в .NET 3.5, потому что он предназначен для работы в WPF версии .NET 3.0.
Миссия (и, следовательно, функциональность) инструментов 3D заключается в том, чтобы упростить кодирование 2D элементов управления в 3D в WPF .NET 3.0. Если у вас есть .NET 3.5, у вас уже есть поддержка 2D в 3D-программировании, а также поддержка WPF XAML.
Хотя .NET 3.5 - это, по сути, .NET 3.0 SP1 + LINQ, подсистема WPF в .NET 3.0 SP1 имеет довольно большие различия, как указано выше, по сравнению с WPF выпуска .NET 3.0.
Посетите эту страницу в библиотеке MSDN:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb613588(v=VS.90).aspx
Также отслеживание мыши не очень хорошо поддерживается в WPF .NET 3.0 SP1. Я предлагаю вам переписать код отслеживания мыши и перекомпилировать его в среде .NET 3.5 (нацелить проект на .NET 3.5).