Короткий ответ: ты не можешь. CSS применяется так, как он встречается браузером. Поскольку вызов JavaScript является последним вызовом, который изменяет этот конкретный стиль, он будет применен к элементу.
Что вы можете сделать, это запустить другой JavaScript, который меняет стиль этого конкретного элемента после первого скрипта. Поскольку в этом элементе есть что-то уникальное, вы можете ссылаться на него по его идентификатору, классу или имени.