Мне нравятся ответы @Chris Lawlor и @ starkeen, и, поскольку OP спросил о "40x", я собираюсь предложить перенаправление на ошибку 404, поскольку она не выдает факт существования файлов.
Это то, что я сейчас использую в одном из моих проектов:
# Hide files not concerning the user
RedirectMatch 404 \.(htaccess|htpasswd|ini|log|sh|inc|bak|bkp|sql)$