Я предполагаю, что вы не спрашиваете, как загрузить эти ресурсы, но как синхронизировать идентификационные номера?
В таком случае я бы предложил иметь 2 заголовочных файла, в которых определены идентификаторы ресурсов. Используйте resource.h так же, как вы делаете сейчас, для вещей, которые вы не возражаете против изменения мастеров, но представьте второй файл заголовка (например, appresource.h), который вы редактируете вручную. Таким образом, вы можете быть уверены, что идентификаторы в этом файле никогда не изменятся. Тогда единственный раз, когда вам нужно изменить приложение C #, это когда вы добавляете новые ресурсы, которые хотите использовать.