На самом деле это выглядит так, как будто нужно убедиться, что везде есть пустая функция gdb_should_break_here (). (Пока я не оптимизирую код).
Тогда все, что мне нужно сделать, это
break gdb_should_break_here
и GDB остановится во всех нужных местах.
Полагаю, я упустил это из виду, поскольку мой код был не очень хорошо организован и содержался в нескольких макросах отладки.