Можете ли вы упаковать свои библиотеки в DLL? Если это так, вы можете вызывать их через PHP API COM.
PHP COM Документы:
http://us3.php.net/manual/en/book.com.php
Пример кода:
<?php
$com = new COM("DynamicWrapper");
$com->Register("KERNEL32", "Beep", "i=ll", "f=s", "r=l");
$com->Beep(800, 10);
В противном случае вы можете написать расширение, содержащее пользовательскую функцию-обертку (т.е. execute_through_wrapper ('yourfunc')). Вот документация по написанию php-функций на C.
http://php.net/manual/en/internals2.funcs.php
Edit:
http://abhinavsingh.com/blog/2008/12/php-extensions-how-and-why/
Вот краткое руководство по написанию расширений на C. Не должно быть слишком сложно написать функцию-обертку. После создания расширения его можно динамически загрузить с помощью dl()
(очень опасно и не рекомендуется).
http://us2.php.net/manual/en/function.dl.php
Это единственные варианты в вашем случае. Не существует Linux-эквивалента (.so загрузчик) загрузчика DLL (это вызов API, связанный с win32).