Хм, возможно, создайте функцию, которая проверяет, сколько времени потребовался sql-запрос, прежде чем он вернул значение? Затем, если он превысил указанное количество, зарегистрируйте его ... например, в php, я бы сделал это так
$before = time();
//run your query
$after = time();
$difference = $after - $before
if($difference > 5000)
//Log query
Это эмулирует регистратор запросов slog, я не думаю, что есть способ включить его на виртуальном хостинге.
Надеюсь, это поможет:)