Я взял один из примеров cmd отсюда: http://www.doughellmann.com/PyMOTW/cmd/index.html
Похоже, что все входные строки в примере имели приглашение (Cmd) - не уверен, что это всегда так.
Отредактировал определение оболочки python в python.el, добавив в него "(Cmd)"
(setq comint-prompt-regexp "^>>> \\|^[.][.][.] \\|^(pdb) \\|^\\(Cmd\\) ")
пересмотрел область оболочки python, запустил оболочку и загрузил скрипт, используя:
>>> execfile ("script.py")
Казалось, что ввод / вывод работает ... не уверен насчет stderr или того, будет ли это работать с более сложным скриптом.