Я помню, как читал где-то, что выходной класс CI в основном создает выходной буфер для вас (ob_start), поэтому вы должны иметь возможность сбрасывать вывод, используя функции ob_ в php (я думаю, попробуйте).
В качестве альтернативы, если вы не можете обойти проблему с буфером, ваш скрипт может сохранить состояние выполнения в переменной сеанса и выполнить интервальный вызов отдельного метода ajax, который возвращает только значение этой переменной ... просто идея. Возможно, более надежный