Поскольку невозможно работать с XML-файлом без его загрузки и анализа, ваш первый подход может сработать ... кроме того, вы не можете просто удалить часть из файла, не переписав его без задействованной части.
Если то, что вы хотите исключить, является довольно простым и легко доступным для поиска, вы также можете обработать файл и записать его во время чтения, не переписывая то, что вы хотите исключить ... это может быть гораздо проще, чем анализировать его.