Если вы используете Viewstack, вы можете поместить SWF в контейнер, скажем, Canvas, и сделать что-то вроде этого
<mx:ViewStack>
<mx:Canvas show="(mySWFA.content as MovieClip).gotoAndPlay(0);">
<mx:SWFLoader id="mySWFA" source="mySWFA.swf"/>
</mx:Canvas>
<mx:Canvas show="(mySWFB.content as MovieClip).gotoAndPlay(0);">
<mx:SWFLoader id="mySWFB" source="mySWFB.swf"/>
</mx:Canvas>
</mx:ViewStack>
Я не проверял это, и я немного догадываюсь о части .content, но основная идея заключается в том, что Viewstack вызовет событие show при изменении индекса стека. Это даст вам возможность перемотать ваш swf.
Кроме того, Viewstack можно настроить так, чтобы он подчинялся кнопкам браузера вперед и назад через свойства проекта-> Flex Compiler-> Browser Integration. Он должен автоматически работать, когда он включен.