Это нормально, что хук precommit изменяет код перед его фиксацией. Например, группа разработчиков может использовать ловушку precommit для автоматического переформатирования любого кода, который предназначен для автоматического обеспечения соблюдения соглашений о кодировании этой команды.
Исходя из комментария, я меняю свой ответ - руководство svn специально рекомендует ПРОТИВ изменения содержимого коммита, поскольку оно может испортить кэширование на стороне клиента. Git работает по-другому, поскольку хранилище является локальным, но я думаю, что принцип тот же.
Что касается конкретного случая использования, который вы упомянули; кажется немного необычным использовать для этого хук precommit. Как правило, ловушка precommit используется для более общих целей. Тем не менее, если вы единственный разработчик, вы можете использовать его так, как вам нравится. Только не забывай, что это там.