Да, ваше приложение будет скомпилировано с заголовком PE32, что означает, что оно будет работать как в 32-битной, так и в 64-битной (как 32-битная версия) ОС Windows.Однако у ваших пользователей должна быть установлена правильная версия .Net Framework, которая зависит от настроек вашего компилятора.