Используйте hg archive -t tgz <targetpath> для экспорта чистой версии в виде архива gzip'd.
Кроме того, вы можете использовать другое значение флага -t, чтобы указать другой тип вывода. Вы можете найти все параметры типа (и другие) на справочной странице hg .
В Mercurial 1.6+ вам даже не нужно указывать тип с помощью -t - вы можете просто использовать hg archive <targetpath>, и Mercurial выведет правильный тип из имени файла.