Не обязательно использовать Spring при наличии сервера Java EE 6. Конечно, если вам нужны определенные функции Spring, то это имеет смысл, но в противном случае ...
Не поймите меня неправильно. Spring - классный контейнер, и он проделал большую работу по приведению Java EE туда, где он находится сейчас, но в большинстве случаев Java EE 6 достаточно хорош.