В итоге результат тот же. WCF предоставляет вам возможность выбрать разные пути для достижения этой цели. Использование контрактов сообщений дает вам явный контроль над тем, как формируются ваши сообщения и что содержится в заголовке и теле.
Если вы уже определили контракты с данными, тогда другой подход позволит вам добавить заголовки в существующую структуру сообщения.