32-битные процессы видят содержимое каталога C: \ Windows \ SysWOW64, когда запрашивают каталог C: \ Windows \ System32.
Кроме того, при попытке сохранить файл в C: \ Windows \ System32 он окажется в C: \ Windows \ SysWOW64.
Однако, если вы не пишете программу типа программы установки, вы, вероятно, вообще не хотите связываться с этими каталогами. Все двоичные файлы в C: \ Windows \ System32 являются 64-битными и не могут использоваться в 32-битных процессах. Вот почему запрос на них перенаправляется в C: \ Windows \ SysWOW64.
Редактировать: Если вы действительно хотите видеть файлы, используйте Wow64DisableWow64FsRedirection через PInvoke.