Исходя из ошибки, которую вы подали в bitbucket, похоже, что вы используете переменную окружения PYTHONPATH, чтобы указать на каталог с некоторыми пакетами, включая Django 1.1.1. По своей сути PYTHONPATH всегда стоит на первом месте в вашем sys.path, даже если у вас активирован virtualenv (потому что PYTHONPATH находится под вашим прямым и непосредственным контролем, и люди используют его для локальных переопределений).
В этом случае, если вы не хотите, чтобы этот PYTHONPATH активировался, то вам нужно позаботиться об этом самостоятельно; возможно, путем создания пользовательского пакетного файла, который одновременно вызывает virtualenv activ.bat, а также изменяет PYTHONPATH.