Поскольку у вас есть код для активации и закрытия окна сообщений, я предполагаю, что все, что вы делаете, может вызывать или не приводить к появлению окна сообщений, и вам нужен способ его очистки, если он есть.
Один из способов - запустить второй скрипт, который просто содержит цикл, который отслеживает окно сообщения и закрывает его, когда находит его. Вы можете закодировать его как тайм-аут через некоторое время, которое позволит основному сценарию завершиться.