Вы можете изменить глобальный web.xml контейнера. Это повлияет на все приложения:
This document defines default values for *all* web applications
loaded into this instance of Tomcat. As each application is
deployed, this file is processed, followed by the
"/WEB-INF/web.xml" deployment descriptor from your own applications.
В качестве альтернативы вы можете реализовать Valve , который вы будете устанавливать в server.xml для определенного хоста (который будет запускать все войны).