код:
(assoc 'window-id (frame-parameters (selected-frame)))
даст вам идентификатор окна для X11. Я не уверен насчет других платформ. Если у вас есть это, вы можете делать что-либо с окном из любого другого приложения X, которое вы хотите.
Если вы хотите использовать весь код Emacs Lisp, вам нужно будет использовать интерфейс xlib, который был принят в xwem, который является оконным менеджером, написанным на Emacs Lisp.
http://savannah.nongnu.org/projects/xwem