Если вы установили свойство «флажок» на true на одной радиокнопке, другая кнопка с таким же именем автоматически не будет проверена.
Таким образом,
document.getElementById('buttonX').checked = true;
приведет к тому, что "buttonY" будет не отмечен, если HTML выглядит так:
<input type='radio' id='buttonX' name='fred' value='X'>
<input type='radio' id='buttonY' name='fred' value='Y' checked>
edit Помните, что «радиокнопки» имеют такое название, потому что на старых радиоустройствах (не обязательно более старых, чем у меня) кнопки предварительной настройки радиостанций были механически связаны между собой так, что во все времена нажималась ровно одна кнопка. Игра с кнопками, чтобы заставить их все быть нажатыми, была забавным, но рискованным занятием, поскольку большинство взрослых не ценило эстетическую привлекательность ряда неотжатых переключателей, все аккуратно выровненные.