Звучит сложно, когда возникает необходимость взаимодействия между внешним дисплеем и бизнес-аналитикой Java в некотором роде. И поверьте мне, необходимость возникнет.
Где бы вы обрабатывали такие вещи, как проверка ввода, например. На яве? Тогда ваш экземпляр Java должен постоянно общаться с приложением PHP. В PHP? Тогда у вас будет бизнес-логика в части PHP, и, похоже, вы этого не хотите.
Если у вас нет действительно, действительно веской причины для такого разделения, я бы выбрал одну платформу. Это, безусловно, выполнимо таким образом, но я думаю, что это приведет к большим ненужным накладным расходам.