DiffMerge (или любой другой инструмент для сравнения) хорош, если ваши файлы имеют похожий макет, но если они сильно отличаются (как, я полагаю, ваш CSS), они могут легко показать весь файл как одну большую разницу так что покажитесь бесполезным.
Что бы я сделал в этой ситуации, это установил инспектор dom в FireFox и проверил это дополнение.
Затем включите вторую таблицу стилей и просмотрите страницу.
Щелкните правой кнопкой мыши на заблокированном элементе и «Осмотрите это». Затем измените режим просмотра DOM инспектора на CSS. Он покажет вам текущий каскад стилей, примененных к текущему элементу, а также даст ссылку на какой файл и какую строку.
Таким образом, вы можете определить, где у вас конфликтующие стили.
По общему признанию, это не автоматический процесс, но если ваши стили не идентичны на 99%, тогда дифференцирование работать не будет.