Использование i386 зависит от компилятора и не обнаруживает 32-битные арки не x86. Предполагая, что интерпретатор python, используемый scons, запускается на интересующем вас процессоре (не всегда так - подумайте о кросс-компиляции), вы можете просто использовать сам python.
import platform
print platform.machine()
print platform.architecture()
Если вам нужно что-то более сложное, то, возможно, вам придется написать свою собственную функцию конфигурации - но может быть лучше разобраться с этим в вашем коде напрямую.