Единственный раз, когда он запрашивает пароль, это если вы пытаетесь сохранить ключ и решите использовать шифр. Просто передайте "cipher = None" в качестве аргумента.
Например:
key=RSA.gen_key(2048, 65537)
key.save_pem('./privkey',cipher=None)
Но, как сказал Хейкки, генерация ключей не требует пароля. Сохранение, только если вы решили использовать шифрование.