Разница не в том, что касается MySql или MySqlI, а в главном факте использования объектов вместо процедурных,
Использование объектов создаст код многократного использования, при этом ваши приложения будут меньше, и у них будет меньше памяти / ресурсов.
My Advice - начало работы с PDO. Это средство написания слоя Abstraction для PHP, которое доступно для нескольких различных серверов баз данных, таких как mysql (i)
Подробнее об использовании здесь: http://php.net/manual/en/book.pdo.php