Обратите внимание, что для каждого исходного файла вы можете указать, к какому объекту (целям) он относится - посмотрите в окне инспектора файл (Получить информацию) и перейдите на вкладку Цели. Если вы отмените выбор цели для данного исходного файла, она не будет скомпилирована как часть процесса сборки для этой цели.
[Это во многом совпадает с тем, что сказал Eimantas в своем ответе - это просто другой взгляд на это.]