Чтобы ответить на ваш вопрос: Да, вы должны иметь возможность отлаживать несколько потоков с помощью GDB. Это зависит от того, какой дизайн будет звучать.
Существует вероятность того, что у вас есть состояние гонки для данных, к которым имеют доступ ваши потоки. Возможно, что проблема не отображается при нормальном запуске программы, но подключение отладчика меняет время и расписание. Тем не менее, вы должны иметь возможность использовать отладчик, чтобы прервать работу, когда произойдет ошибка. Понимание того, где это происходит, может проинформировать вас о состоянии гонки или коррупции в любом случае.
На это стоит обратить внимание, потому что даже если это не происходит в большинстве условий работы, оно может проявляться при различных условиях загрузки системы.