Такова опасность наличия нескольких хранилищ. Это поднимает вопрос о том, «нужны ли они вам все или нет»? Имеет ли смысл объединить кого-либо из них, а можете?
Я бы посоветовал вам немного почитать об Архитектуре данных - я сам начинающий, но у меня есть кое-что от очень опытного. С одной точки зрения, архитекторов данных больше беспокоит то, как определяются ваши данные, чем то, как фактически создается физическая база данных: мой совет - начать с захвата и документирования ( моделирование ) логической модели данных, и физические. Очень четкое понимание данных очень поможет.
Специфика этого (то есть, биты, о которых беспокоится DA) - это определение данных - что это за бит данных (не полагайтесь на имена столбцов и таблиц)? Как это используется, что это означает, где это создано? Также важно то, что речь идет не о том, где он физически создан в вашей системе, а о том, где он создается в бизнес-процессе (ах). да, вам нужно беспокоиться о системе - но это на потом; бизнес процесс должен управлять системой. Это все логические модели данных.
Как только у вас есть определения, вы можете начать собирать их вместе - как соотносятся данные из разных репозиториев? (возможно, больше в физической модели здесь.)
Как только все станет ясно, ответы на вопрос о том, как вы поместите его в приложение, станут очевидными, и их документирование поможет. Это один из тех случаев, когда наличие хорошей документации действительно необходимо.