Вы можете указать '-m32' или '-m64', чтобы выбрать режим компиляции.
При работе со скриптами autoconf (configure) я обычно устанавливаю CC = "gcc -m64" (или CC = "gcc -m32") в среде, чтобы все компилировалось с правильной битностью. По крайней мере, обычно ... люди находят бесконечные способы заставить это не совсем работать, но мой средний уровень очень высок (более 95%) с ним.